湖州师范学院档案馆，是主管学校档案工作的职能部门，又是保存和提供利用学校档案的专门机构。
学校档案工作自1958年建校时起步，1983年建立档案室，1992年成立综合档案室，隶属于校长办公室。1999年三校合并升格后，学校发文正式明确了综合档案室为副处级建制，挂靠党委、校长办公室。2002年11月档案室被列为学校直属单位之一，由党委、校长办公室主管。2008年12月撤室建馆，与图书馆合署办公，业务相对独立，馆长由图书馆党总支书记兼任。2017年7月档案馆与图书馆脱钩，挂靠党委、校长办公室。目前，档案馆设馆长1人，由党委、校长办公室副主任兼任；副馆长1人，正科级；档案专技人员5人。
学校档案馆自2003年12月搬迁至西校区沈左尧图书馆十二层，馆室用房面积1000平方米，其中库房面积约500平方米，设有独立的阅档利用室和办公场所。目前，共收藏了湖州师范学院、湖州师范专科学校、湖州师范学校、湖州教师进修学院、湖州卫生学校等5个全宗档案，收录了包括党群、行政、教学、科研、财会、外事、基建、产品、设备、出版、声像、实物等十二大门类的近6万卷档案，托管干部人事档案2000余份。近年来，每年新增档案3000多卷。
长期以来，档案馆不断加强制度建设，积极采取有效措施，逐步推进存量档案数字化，努力提升档案利用服务质量，为学校各项重要工作提供利用服务。学校档案工作也获得了上级主管部门的肯定，先后被评为省级及国家一级达标单位、省档案工作优秀集体、省高校档案工作年检先进单位以及市档案工作年度检查优秀单位等荣誉称号。
